Doanh nghiệp bị 'om' tiền cả chục tỷ đồng vì rắc rối thuế quan

Tiến thoái lưỡng nan

Để phục vụ hoạt động sản xuất, Công ty CP Lâm Việt (TP.HCM) cần nhập nguyên liệu gỗ rừng trồng từ một số quốc gia như Costa Rica, El Salvador, Papua New Guinea… Những lô hàng nhập khẩu đã có các chứng nhận như FSC (chứng nhận quốc tế do Hội đồng Quản lý Rừng cấp), tài liệu về khu rừng trồng có định vị toàn cầu, chứng nhận bản chính của cơ quan lâm nghiệp quốc gia xuất khẩu…

Tuy nhiên, khi hàng về Việt Nam, cơ quan Hải quan yêu cầu doanh nghiệp phải làm thêm thủ tục “hợp pháp hoá lãnh sự”. Thủ tục này là việc cơ quan có thẩm quyền Việt Nam chứng nhận chữ ký, con dấu và chức danh trên giấy tờ, tài liệu nước ngoài để giấy tờ đó được sử dụng hợp pháp tại Việt Nam.

Điều đáng nói, thủ tục có thể kéo dài trong vài tháng do cần thời gian xác minh. Trong thời gian chờ hàng được thông quan, phí lưu kho tại cảng có khi còn lớn hơn tiền hàng nhập về.

Nghịch lý trên được ông Nguyễn Liêm, Chủ tịch HĐQT Công ty Lâm Việt nêu ra tại hội thảo liên quan tới thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với gỗ nguyên liệu và gỗ sơ chế, diễn ra sáng 14/10. Sự kiện do Hội Mỹ nghệ và Chế biến Gỗ TP.HCM (HAWA) phối hợp với Hiệp hội Doanh nghiệp nhỏ và vừa TP.HCM tổ chức.

Với doanh thu trung bình khoảng 1.000 tỷ đồng/năm, Lâm Việt là một trong những doanh nghiệp sản xuất và xuất khẩu đồ gỗ hàng đầu Việt Nam. Việc hàng bị ‘giam lỏng’ không chỉ gây thiệt hại kinh tế, mà còn ảnh hưởng tới uy tín kinh doanh khi thời gian giao hàng đã cam kết với đối tác bị kéo dài.

Câu chuyện chưa dừng ở đây. Công ty Lâm Việt đã nộp thuế GTGT 8% ở hải quan nhập khẩu, nhưng khi làm hồ sơ hoàn thuế, lại được Thuế TP.HCM thông báo rằng, hàng nhập khẩu của công ty không phải đối tượng chịu thuế GTGT. Do đó, nhà chức trách không đồng ý cho doanh nghiệp được hoàn thuế.

Tức là, cùng một lô hàng, Hải quan xác định phải chịu thuế GTGT còn Thuế thì không.

“Ước tính, số tiền không được hoàn của chúng tôi đang ở cơ quan thuế lên tới cả chục tỷ đồng. Vấn đề này kéo dài nhiều tháng nay”, ông Liêm nói thêm và cho biết, nếu tính tổng cộng, tiền chưa được hoàn tại địa phương là rất lớn.

Cộng đồng doanh nghiệp gỗ tại TP.HCM hiện chiếm hơn 50% tổng doanh thu xuất khẩu gỗ cả nước. Doanh nghiệp sẽ khó càng thêm khó trong bối cảnh lãi suất ngân hàng lên cao, nhiều công ty gỗ cũng bị giảm hạn mức cho vay.

Trước đó, vào ngày 22/9, Hiệp hội Gỗ và Lâm sản Việt Nam đã gửi văn bản kiến nghị tháo gỡ khó khăn về hoàn thuế cho doanh nghiệp gỗ lên Bộ Tài chính. Trong văn bản nêu trên, Hiệp hội lấy trường hợp của Công ty Lâm Việt là ví dụ điển hình.

“Doanh nghiệp chế biến gỗ xuất khẩu đang gặp vướng mắc khi thuế GTGT đã nộp tại khâu nhập khẩu nhưng chưa được hoàn khi nguyên liệu được sử dụng để sản xuất hàng xuất khẩu. Việc chưa có hướng dẫn rõ về hồ sơ chứng minh gỗ rừng trồng còn khiến hàng hóa chậm thông quan, phát sinh chi phí lưu kho, lưu bãi; có trường hợp doanh nghiệp phải điều chỉnh khai báo, nộp thuế để giải phóng hàng nhưng lại phát sinh xử phạt”, văn bản nêu.

Cần xác định "chính nó là nó"

Bên lề sự kiện, nói thêm về nguyên nhân với phóng viên, ông Liêm cho biết, trước đây, doanh nghiệp sẵn sàng nộp thuế GTGT và hoàn thuế bình thường.

Tuy nhiên, từ khi có Nghị định 181/2025/NĐ-CP (hiệu lực từ 1/7/2025) và Thông tư 84/2025/TT-BNNMT (hiệu lực từ 1/1/2026) thì cách hiểu văn bản của Thuế và Hải quan là khác nhau, từ đó ảnh hưởng tới quyết định thông quan cũng như hoàn thuế cho doanh nghiệp.

Gỗ nhập khẩu của công ty Lâm Việt từng được cho thông quan xong, rồi lại bị yêu cầu nộp thuế bổ sung và nộp thêm khoản phạt 20% do khai sai.

Ông Phùng Quốc Mẫn, Chủ tịch HAWA cho biết, việc chưa có định nghĩa rõ ràng về "gỗ sơ chế thông thường" khiến các địa phương, cơ quan có cách áp dụng khác nhau. Điều này vô tình đẩy doanh nghiệp rơi vào tình huống vi phạm và phải nộp phạt.

Những vướng mắc liên quan đến chứng minh nguồn gốc gỗ rừng trồng nhập khẩu, phân loại gỗ sơ chế, áp dụng chính sách thuế GTGT và xử lý các khoản thuế đã nộp đang ảnh hưởng trực tiếp đến hoạt động nhập nguyên liệu, mua bán và giải quyết hồ sơ hoàn thuế của nhiều doanh nghiệp.

Đại diện HAWA kiến nghị cơ quan Thuế và Hải quan phối hợp rà soát những khoản thuế đã nộp tại khâu nhập khẩu nhưng chưa được khấu trừ hoặc hoàn thuế, xác định hướng xử lý cụ thể cho từng nhóm hồ sơ.

Đối với những vấn đề vượt thẩm quyền, cơ quan hữu trách cần tổng hợp, báo cáo Bộ Tài chính, Bộ Nông nghiệp và Môi trường để có hướng dẫn thống nhất cho doanh nghiệp tuân thủ.

Ghi nhận ý kiến từ cộng đồng doanh nghiệp, ông Nguyễn Chí Thanh, Phó trưởng Phòng Nghiệp vụ, Chi cục Hải quan khu vực II cho rằng các nhóm vấn đề mà doanh nghiệp phải đối mặt liên quan tới hồ sơ nhập khẩu gỗ; tiêu chí phân loại gỗ sơ chế thông thường và gỗ rừng trồng; xử lý tiền thuế GTGT đã nộp tại khâu nhập khẩu trong trường hợp mặt hàng được xác định không phải chịu thuế GTGT.

Theo ông, để giải quyết các vấn đề trên cần giải thích rõ như thế nào là “gỗ chế biến thông thường”, hay làm rõ hơn như thế nào là "gỗ rừng trồng". Chính cách hiểu khác nhau về thuật ngữ đã dẫn đến một chuỗi vướng mắc khó xử lý từ cơ quan chuyên môn.

Với góc độ Hải quan, ông Thanh cho hay, trong kiến nghị gửi cấp có thẩm quyền, các doanh nghiệp ngành gỗ cần có văn bản nêu rõ các tiêu chí đi kèm để giải thích rõ hơn khái niệm “gỗ sơ chế thông thường” hay “gỗ rừng trồng”, “gỗ hợp pháp”. Từ đó, cơ quan quản lý Nhà nước sẽ đưa vào văn bản cụ thể, thống nhất.

“Việc làm rõ thuật ngữ giúp xác định chính nó là nó. Khi đó, chuỗi các vấn đề sẽ được giải quyết. Sau khi hiểu rõ thuật ngữ và tiêu chí, cơ quan chuyên môn xác định được mặt hàng gỗ nhập khẩu đó có chịu thuế GTGT hay không. Nếu không chịu thuế, chắc chắn các doanh nghiệp sẽ được hoàn lại tiền đã nộp”, thành viên Chi cục Hải quan khu vực II giải thích.

Quảng Định