Doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu trà sữa kêu khổ vì kiểm tra chuyên ngành, hải quan nói gì?

Ngày 19-12, Trung tâm Xúc tiến Thương mại và Đầu tư TPHCM (ITPC) phối hợp với Chi cục Hải quan Khu vực II tổ chức Hội nghị Đối thoại Doanh nghiệp – Chính quyền TP HCM.

Tại buổi đối thoại, nhiều doanh nghiệp đã nêu cụ thể các vướng mắc đang phát sinh trong thực tiễn, đặc biệt là những vấn đề liên quan việc chồng chéo quản lý chuyên ngành, áp dụng chính sách giảm kiểm tra và cách hiểu các quy định thuế mới.

Đại diện Công ty Ngon Cổ Điển phản ánh doanh nghiệp đã bị từ chối tiếp nhận hồ sơ nhập khẩu nguyên liệu trà sữa do có sự chồng chéo trong quản lý giữa Bộ Nông nghiệp và Môi trường với Bộ Công Thương.

Theo doanh nghiệp, cùng một mặt hàng nhưng yêu cầu kiểm tra, cấp phép lại khác nhau, khiến quá trình thông quan bị kéo dài.

Doanh nghiệp này cho biết dù có lịch sử tuân thủ tốt, với ba lần liên tiếp được kiểm tra đạt yêu cầu nhưng đến nay vẫn chưa được áp dụng chế độ giảm mức độ kiểm tra chuyên ngành, từ kiểm tra hồ sơ sang miễn kiểm hoặc kiểm tra xác suất tại cửa khẩu.

Hiện nay, 3 lô hàng của công ty bị ách tắc tại cảng, trong khi hàng hóa có hạn sử dụng ngắn, gây áp lực lớn về chi phí và nguy cơ thiệt hại.

Giải đáp vấn đề này, bà Lê Thị Thùy Dung, Phó Trưởng Phòng Nghiệp vụ Hải quan - Chi cục Hải quan Khu vực II, cho biết việc miễn, giảm kiểm tra chuyên ngành đã được quy định rõ tại Điều 18 và Điều 19 Nghị định 15/2018.

Theo chỉ đạo mới của Cục Hải quan tại Công văn 38531/2025, cơ quan hải quan sẽ triển khai áp dụng chế độ giảm mức độ kiểm tra đối với các doanh nghiệp có 3 lần liên tiếp kiểm tra đạt yêu cầu.

Theo đó, doanh nghiệp được tự khai, tự chịu trách nhiệm về hàng hóa, còn cơ quan hải quan sẽ thực hiện kiểm tra xác suất khoảng 5% hồ sơ.

Bà Dung cho biết Chi cục Hải quan cửa khẩu Cảng Sài Gòn Khu vực II đang phối hợp với Sở An toàn thực phẩm TPHCM tháo gỡ các vướng mắc về thủ tục, bảo đảm doanh nghiệp không phải tự xoay xở hay tìm giải pháp ngoài luồng.

Một số doanh nghiệp cũng đặt câu hỏi liên quan việc áp dụng chính sách thuế đối với mặt hàng nước giải khát có đường. Theo Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt (TTĐB), có hiệu lực từ ngày 1-1-2026, mặt hàng nước giải khát có hàm lượng đường trên 5g/100ml chỉ bắt đầu chịu thuế từ ngày 1-1-2027. Trong khi đó, Nghị định 174/2025 quy định các mặt hàng thuộc diện chịu thuế TTĐB sẽ không được giảm thuế giá trị gia tăng (GTGT) từ 10% xuống 8%.

Doanh nghiệp băn khoăn: "Trong năm 2026, khi nước giải khát có đường chưa chính thức bị thu thuế TTĐB nhưng đã được liệt kê trong luật, liệu có tiếp tục được hưởng mức thuế GTGT 8%?".

Làm rõ vấn đề này, bà Lê Thị Thùy Dung cho biết doanh nghiệp cần lưu ý quy định tại Phụ lục II - Nghị định 174/2025, trong đó danh mục hàng hóa, dịch vụ chịu thuế TTĐB không thuộc đối tượng được giảm thuế GTGT. Trong giai đoạn từ ngày 1-1 đến 31-12-2026, theo hướng dẫn tại Mục 2 Phụ lục này, mặt hàng nước giải khát có hàm lượng đường trên 5g/100ml được xếp vào nhóm hàng hóa chịu thuế TTĐB, do đó không được hưởng chính sách giảm thuế GTGT.

Bộ Tài chính đã có công văn hướng dẫn cụ thể, khẳng định mặt hàng nước giải khát có đường nêu trên không thuộc đối tượng áp dụng mức thuế suất GTGT ưu đãi trong giai đoạn từ ngày 1-1 đến 31-12-2026. Doanh nghiệp cần căn cứ hàm lượng đường trong từng sản phẩm để thực hiện kê khai, nộp thuế đúng quy định.

Theo Sơn Nhung